化学法合成生物柴油有以下缺点：

　　反应温度较高、工艺复杂；反应过程中使用过量的甲醇，后续工艺要有相应的醇回收装置，处理过程繁复、能耗高；油脂原料中的水和游离脂肪酸会严重影响生物柴油得率及质量；产品纯化复杂，酯化产物难于回收；反应生成的副产物很难去掉，而且使用酸碱催化剂产生大量的废水，废碱（酸）液排放容易对环境造成二次污染等。 

　　化学法生产还有一个不容忽视的成本问题：

　　生产过程中使用碱性催化剂要求原料要是毛油，比如未经提炼的菜籽油和豆油，原料成本就占总成本的75%。因此采用廉价原料及提高转化从而节省成本是生物柴油能否实用化的关键；
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